La conservation de la biodiversité avec des données de terrain et des méthodes computationnelles

Originaire du New Jersey, aux États-Unis Brendan Reid est devenu professeur de biologie à l'Université de Namur en septembre 2025 et membre de l'Institut de la vie, de la Terre et de l'environnement (ILEE).  Ses recherches portent sur les changements chez les organismes et les communautés aquatiques et semi-aquatiques. Il s'intéresse particulièrement aux poissons, aux amphibiens et aux reptiles.  Pour mener à bien ses recherches, il utilise la (méta)génomique et la recherche sur le terrain, ainsi que des données démographiques et génomiques. L'objectif ? La préservation et la gestion de la diversité.

Les recherches de Brendan Reid combinent le séquençage génomique de pointe dans l'espace et dans le temps avec l’analyse des données démographiques et sur l'habitat, à l’aide de méthodes computationnelles.  L'objectif est de comprendre les réponses évolutives des espèces et des communautés aux changements environnementaux au fil du temps et de proposer des solutions de conservation pour assurer leur durabilité. Il s'intéresse particulièrement à l'utilisation de la génétique et des collections des musées pour comprendre les bases des réponses des espèces aux nouveaux stress et préserver la biodiversité à l'ère actuelle du changement climatique mondial.

Lors d'un séminaire en janvier 2026, Brendan Reid a présenté ses recherches à ses nouveaux collègues : les membres de l'Institut ILEE et les membres du Département de biologie de l'URBE.

Comment la génétique peut-elle nous renseigner sur la diversité biologique ? 

Il a mené un projet de recherche postdoctoral sur le codage génétique et l'identification des tortues marines et d'eau douce.  Un autre projet de recherche lui a permis d'analyser l'ADN environnemental afin d'évaluer différentes communautés dans des environnements fortement impactés par l'activité humaine : surveillance des récifs, rivières en milieu urbain.

Photo : Tortue Blanding (Emydoidea blandingii) d'une des populations étudiées dans le Wisconsin © Brendan Reid 

Comment la perte de diversité génétique et la consanguinité affectent-elles les petites populations ?

Il a étudié cette question dans le cadre de deux projets de recherche postdoctoraux : l'un sur la génétique des poissons d'eau douce et l'autre sur la consanguinité et la condition physique des serpents à sonnettes en voie de disparition.

Comment les populations réagissent-elles à l'impact croissant de l'activité humaine au fil du temps ?

Sa thèse de doctorat portait sur les tortues et les routes.  Les travaux sur les tortues se poursuivent grâce à une subvention de l'USFWS.  Il dirige actuellement un projet à grande échelle visant à créer une base de données génomiques pour la tortue Blanding, une espèce menacée, qui sera utilisée dans le cadre de la planification de la conservation et de la criminalistique aux États-Unis.

Il a mené des recherches postdoctorales sur la génomique historique des poissons afin d'étudier l'évolution de la diversité génétique au fil du temps. Le projet « Évolution du cabillaud induite par la pêche » a utilisé des échantillons historiques et contemporains provenant de Norvège et de Terre-Neuve, au Canada. 

Photo : Brendan Reid dans les îles Lofoten, en Norvège, avec des séchoirs utilisés dans la pêche norvégienne à la morue - l'un des d'étude dans laquelle les chercheurs ont utilisé des échantillons de 1907 associés à des échantillons des années 2010 afin de comprendre comment la morue s'est adaptée à la surpêche.  © Patrice Escandon

L’article « Détection d’une adaptation polygénique parallèle à une nouvelle pression évolutive dans les populations sauvages : une étude de cas sur le cabillaud de l’Atlantique (Gadus morhua) » est disponible en open accès.

Pour les échantillons historiques, c’est notamment au travers du projet ARC Albatros (aux Philippines) que cela a été possible.  Ce projet fait référence à l'expédition de l'USS Albatros en 1908-1909, qui a rapporté une immense collection de spécimens conservés dans de l'éthanol (du rhum à haute teneur en alcool 😊) à la place du formol.  Plus de 10.000 spécimens ont été associés à des échantillons contemporains prélevés sur 60 sites entre 2017 et 2022. 

Le projet PIRE aux Philippines étudie les changements dans les régions tropicales, mais son objectif principal est de déterminer si les tendances sont similaires dans différentes zones climatiques.  Il relie les spécimens de musée collectés au début des années 1900 aux populations contemporaines afin de comprendre comment les changements d'habitat ont influencé la diversité génétique neutre et adaptative des poissons. 

Toutes ces recherches ont permis de constater de manière générale que les populations d'insectes, d'oiseaux, de mammifères et de poissons ont diminué et perdu entre 6 et 16 % de leur diversité à ce jour. La génomique confirme un effondrement récent des populations, probablement lié au changement d'habitat lié à l’activité humaine. On constate également une perte de 4% de la diversité dans les zones à forte densité humaine, et une sélection plus forte à proximité des zones de développement plus importantes.  Et enfin, les poissons tropicaux perdent globalement leur diversité génétique.

Brendan aimerait également se pencher sur la génomique historique (principalement chez les insectes) pour identifier les signes de changement et d’adaptation des communautés à partir des données collectées sur des spécimens.

Et travailler à la renaturation de l’Europe en général, principalement des rivières et des canaux.

Brendan aimerait déterminer les besoins et les questions de conservation des espèces en analysant les programmes d'élevage dans les zoos.  Il souhaite également poursuivre les analyses génétiques des populations et collecter des données sur le terrain afin de maintenir la cohérence entre la théorie et la pratique et surtout, cibler de manière précise les espèces qui ont le plus besoin de protection. 

Compte tenu de la richesse de ses recherches, de son expertise de pointe et de sa motivation, il n'est pas étonnant que Brendan Reid ait été choisi pour rejoindre l'équipe de l'URBE du Département de biologie.

Bienvenue, Brendan !