Il en est des découvertes scientifiques comme des belles histoires : elles commencent souvent par une rencontre. Il y a près de 20 ans, le professeur Stéphane Vincent, du Laboratoire de Chimie Bio-Organique de l'UNamur, alors jeune chimiste spécialiste des sucres, est en quête de nouveauté. À la faveur d'un post-doctorat à Strasbourg, en France, dans le laboratoire de Jean-Marie Lehn, prix Nobel de chimie en 1987 et spécialiste de la chimie supramoléculaire, il se lie d'amitié avec un autre post-doctorant : le Roumain Mihail Barboiu, aujourd'hui chercheur au CNRS à Montpellier.

Peu avant la pandémie de Covid-19, lors d'un congrès scientifique, Mihail Barboiu montre à Stéphane Vincent le résultat de ses expériences.  « Il utilisait les DCF comme une sorte de transporteur, pour apporter des gènes (fragments d’ADN ou d’ARN) dans une cellule », se souvient le chimiste. « J'ai alors compris que les DCF étaient des molécules chargées positivement et qu'elles s'adaptaient facilement à l'ADN qui, lui, est chargé négativement. Cela m'a donné l'idée de les utiliser contre des bactéries, à la manière de certains antibiotiques, eux aussi chargés positivement. »

Les deux chercheurs établissent alors un premier projet de recherche, avec une thèse financée en cotutelle par l'UNamur, qui aboutit en 2021 à la publication des premiers résultats montrant l'activité antibactérienne des DCF.  « À l'époque, je travaillais déjà sur des approches antibactériennes, notamment contre Pseudomonas aeruginosa, un pathogène important qui forme des biofilms », précise Stéphane Vincent.

Pour lutter contre les antiseptiques et les antibiotiques, les bactéries procèdent de plusieurs manières. En plus de développer des mécanismes pour bloquer le fonctionnement des antibiotiques, elles sont capables de s'agréger ou de s'arrimer à une surface, par exemple celle d'un implant médical et de s'y recouvrir d'un enchevêtrement complexe de toutes sortes de molécules. Ce dernier, que l'on nomme biofilm, protège les bactéries des agressions extérieures. Ces biofilms sont un problème de santé publique majeur, car ils permettent aux bactéries de survivre même aux antibiotiques les plus puissants et sont notamment à l'origine de maladies nosocomiales, des infections contractées au cours d’un séjour dans un établissement de soins. 

 « Nous avons montré que certains DCF étaient à la fois capables d'inhiber la production de biofilms, mais aussi de les affaiblir, exposant ainsi les bactéries à leur environnement », résume Stéphane Vincent.

Fort de ces résultats et grâce au C2W, un programme européen « très compétitif » qui finance des post-doctorats, Stéphane Vincent invite Dmytro Strilets, un chimiste ukrainien qui vient de terminer sa thèse sous la direction de Mihail Barboiu, à travailler dans son laboratoire sur les DCF. Ce projet, dénommé TADAM et mené en collaboration avec les chercheurs Tom Coenye de l'UGent et Charles Van der Henst de la VUB, se penche alors sur le potentiel antibactérien et antibiofilm des DCF contre Acinetobacter baumannii, une bactérie qui fait partie, tout comme Pseudomonas aeruginosa, de la liste des pathogènes les plus préoccupants définie par l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS). 

Le projet TADAM repose sur un assemblage ingénieux : les DCF sont associés à des molécules particulières, les pillararènes. Ces derniers forment une sorte de cage autour d'une molécule antibiotique éprouvée, la lévofloxacine et améliore ainsi sa biodisponibilité et sa stabilité. Les DCF ont alors comme rôle d'inhiber et de désagréger le biofilm, pour permettre aux pillararènes de délivrer leur antibiotique directement aux bactéries ainsi exposées.

Les résultats obtenus par l'équipe de Stéphane Vincent sont spectaculaires : l'assemblage DCF-pillararène-antibiotique a une efficacité jusqu'à quatre fois supérieure à celle de l'antibiotique utilisé seul ! Constatant qu'il n'existe encore que peu de travaux menés sur l'effet antibiotique de ces nouvelles molécules, les chercheurs décident alors de protéger leur invention par un dépôt de brevet conjoint, avant d'aller plus loin.

Car tout reste encore à faire. D'abord, parce que malgré des résultats plus que probants, le fonctionnement de l'assemblage reste encore obscur.  « Toute l'étude du mécanisme d'action doit encore se faire », indique Stéphane Vincent. « Comment s'agence l'antibiotique dans la cage de pillararène ? Pourquoi les DCF ont-ils une activité antibiofilm ? Comment s'agencent les DCF et les pillararènes ? Toutes ces questions sont importantes, non seulement pour comprendre nos résultats, mais aussi pour éventuellement développer de nouvelles générations de molécules. »

Et sur ce point, Stéphane Vincent veut se montrer particulièrement prudent.  « On rêve tous, évidemment, d’une molécule universelle qui va fonctionner sur tous les pathogènes, mais il faut faire preuve d'humilité », tempère-t-il. « Je travaille avec des biologistes depuis de nombreuses années et je sais que la réalité biologique est infiniment plus complexe que nos conditions de laboratoire. Mais c'est bien parce que nos résultats sont très encourageants que nous devons persévérer dans cette voie. »

Le chimiste a d'ailleurs déjà plusieurs pistes : « Nous allons tester les molécules sur des bactéries "circulantes" en suspension dans un liquide, qui se comportent de manière très différente. Et puis nous allons également travailler sur des isolats cliniques de bactéries pathogènes, afin de nous approcher un peu plus des conditions réelles dans lesquelles ces biofilms se forment. » 

Dmytro Strilets vient de recevoir un mandat de Chargé de recherche du FNRS afin de développer des DCF de deuxième génération et étudier leur mode d’action. Le projet TADAM a reçu un financement de l'Université de Namur et du programme de recherche et d'innovation Horizon 2020 de l'Union européenne dans le cadre de la convention de subvention Marie Skłodowska-Curie n°101034383. 

Stratégiquement situé à l’intersection de la cordillère des Andes, de la forêt amazonienne et des Îles Galápagos (rendues célèbres par un certain Charles Darwin), l’Équateur est un haut lieu de biodiversité. Plus de 150 ans après les observations du naturaliste, ce pays reste un terrain d’étude prisé des scientifiques pour étudier l’adaptation des organismes sauvages aux changements de leur environnement.

Dans le cadre d’un projet de deux ans financé par la Commission de la coopération internationale de l’ARES (ARES-CCI), les professeurs Frédéric Silvestre et Alice Dennis de l’Unité de Recherche en Biologie Environnementale et évolutive (URBE) de l’UNamur, ont noué un partenariat avec la Universidad Central Del Ecuador. L’objectif ? Appliquer les techniques de génétiques et d’épigénétiques développées dans les laboratoires namurois à des poissons et macro-invertébrés de ruisseaux équatoriens. 

Une première campagne d’échantillonnage a été menée cet été et une autre est prévue au printemps prochain, à laquelle participeront Frédéric Silvestre et Alice Dennis. Cette collaboration a également permis d’accueillir au sein de l’URBE une chercheuse équatorienne venue se former aux techniques de séquençage nanopore, utilisées dans le cadre de ce projet, et réaliser des tests sur des échantillons des espèces étudiées. Le séquençage nanopore est une méthode consistant à séquencer des brins d’ADN de longue taille grâce à un signal électrique. « Cette technique est très avantageuse car elle facilite l’assemblage des génomes et permet de travailler à la fois sur la séquence de l’ADN et les modifications de celles-ci. Le séquençage nanopore est en outre un appareillage très petit et portable, facilement utilisable sur le terrain », poursuit le chercheur. L’utilisation de cette technologie a pour but de montrer la faisabilité de ce procédé et, à terme, contribuer à l’élaboration de politiques de conservation plus efficaces de la biodiversité, en s’appuyant sur des données génétiques concrètes.

Fraîchement désigné Vice-recteur aux relations internationales et extérieures de l’UNamur, Stéphane Leyens est impliqué dans pas moins de 4 projets au Pérou, en collaboration étroite avec l’Universidad Nacional San Antonio Abad del Cusco (UNSAAC). Située dans la cordillère des Andes à près de 3500m d’altitude, cette université bénéficie depuis 2009 d’un soutien de la Commission de la coopération internationale de l’ARES (ARES-CCI) destiné à améliorer la qualité de son enseignement et à renforcer ses capacités de recherche. Ces projets ont pour toile de fond la nouvelle « loi universitaire », qui a profondément bouleversé le paysage de l’enseignement supérieur en mettant l’accent sur la formation des enseignants et la responsabilité sociale des universités, désormais invitées à intégrer des enjeux comme l’interculturalité, l’environnement et le genre dans une perspective de développement rural local. 

Il faut dire que le contexte culturel, politique et socio-économique du pays est en pleine mutation. Conséquence : les communautés paysannes sont tiraillées entre un attachement identitaire aux modes de vie traditionnels et l’attrait pour les possibilités économiques offertes par la modernisation de l’agriculture ou de l’essor du tourisme. 

C’est cette tension qu’étudie Stéphane Leyens, dans le district d’Ocongate (département de Cuzco), situé sur le tracé de la Route Interocéanique Sud. « Cette route asphaltée, reliant Lima à Sao Paulo et achevée en 2006, a complètement transformé la dynamique communautaire et socio-économique des populations Quechua des hautes Andes, rendant possible l’accès aux mines de l’Amazonie, aux marchés de centres urbains, aux institutions d’enseignement supérieur, et ouvrant la région au tourisme. L’idée était donc d’étudier ce changement de dynamique, via le prisme de la prise de décision familiale et communautaire, avec un point d’attention particulier à l’éducation, aux activités agricoles et aux questions de genre », explique Stéphane Leyens. Ces questionnements – qui résonnent particulièrement avec les réalités vécues par la population – ont débouché sur deux recherches doctorales menées par des chercheuses péruviennes. 

Dans la même perspective, et dans un tout nouveau projet, le chercheur s’intéresse à l’impact du développement des exploitations minières informelles sur l’économie locale à travers un angle original : l’épistémologie quechua. Ce projet s’appuie sur un partenariat avec une équipe de l’Universidad Nacional José María Arguedas (UNAJMA), spécialiste de cette approche.

« Dans le cadre du Master en physique, on a l’obligation de faire un stage en Belgique ou ailleurs. J’ai choisi de m’envoler vers le Brésil car des chercheurs locaux réalisent des recherches en lien avec mon sujet de mémoire. C’était aussi l’occasion de sortir de ma zone de confort et de vivre une expérience dans un pays éloigné.

Cela s’est très bien passé, tant sur le plan académique que personnel. J’ai eu la chance de prendre part à la rédaction d’un article et de suivre tout le parcours de publication. L’organisation du travail était très libre et j’ai pu mener ma recherche en toute autonomie. J’ai rapidement forgé des amitiés durables, notamment en participant à des cours de forró, une danse brésilienne.

Si j’avais un conseil à donner : foncez ! Partir loin peut faire peur mais cela nous apprend beaucoup de choses et notamment le fait qu’on est capable de rebondir dans des situations parfois imprévisibles. »

- Thaïs Nivaille, étudiante en physique

« vCircTrappist » : derrière ce nom original, se trouve un outil qui marque un tournant dans la recherche en virologie ! Développé par le doctorant Alexis Chasseur, membre de l’institut Narilis de l’UNamur et aujourd’hui membre de l’institut Karolinska (Suède), cet outil permet d’identifier de manière fiable et sans biais les ARN circulaires générés par une large gamme de virus pathogènes, notamment les herpès virus, les adénovirus, les rétrovirus, les virus de la leucémie et ceux de la grippe.

« C’est comme si nous venions de découvrir une nouvelle manière pour les virus de communiquer et de parasiter nos cellules. Comprendre ce mécanisme, c’est entrer dans un nouveau langage des virus », simplifie Alexis Chasseur. 

« Basé sur les nouvelles technologies de séquençage ARN haut-débit, ce programme de détection d’ARN circulaires permet de capter un très grand nombre d'événements, attestant de la circularisation des ARN produits par des virus », détaille-t-il. Alors que des outils similaires existent déjà dans des contextes cellulaires classiques, ils privilégient uniquement la détection d’ARN circulaires produits par des mécanismes conventionnels, différents de ceux des virus. « vCircTrappist identifie tout type de motif impliqué dans la circularisation de l’ARN et est adapté aux particularités des génomes viraux. Il permet ainsi de découvrir un nouveau paysage de l’expression génétique par les virus », poursuit le chercheur. 

Cette avancée ouvre de nouvelles perspectives pour mieux comprendre le rôle de ces molécules dans les infections virales et pourrait, à terme, contribuer au développement de nouvelles stratégies thérapeutiques.

L’étude vient d’être publiée dans PLOS Pathogens, une revue de référence classée Q1 en infectiologie et virologie, avec un facteur d’impact de 6,7 (JCR 2025).

Découvrez les objectifs de ce projet dans le magazine du FNRS de février 2023 (pages 38-39).

Les auteurs de cet article sont: Alexis S. Chasseur, Maxime Bellefroid, Mathilde Galais, Meijiao Gong, Pierre Lombard, Sarah Mathieu, Amandine Pecquet, Estelle Plant, Camille Ponsard, Laure Vreux, Carlo Yague-Sanz, Benjamin G. Dewals, Nicolas A. Gillet, Benoît Muylkens, Carine M. Van Lint, Damien Coupeau

Cette recherche, s’inscrit dans le cadre du projet de recherche (PDR) financé par le FNRS depuis janvier 2023, intitulé : "Identification et caractérisation d’ARN circulaires viraux dans les cancers et hyperproliférations cellulaires induites par des herpèsvirus et des rétrovirus lymphotropes".

Grâce à une collaboration étroite entre les laboratoires des Pr Carine Van Lint Directrice de recherches FNRS à l’ULB, Benjamin Dewals professeur à l’ULiège, Carlo Yague-Sanz, Collaborateur scientifique FNRS à l’UNamur, et Nicolas Gillet, Directeur du Département de médecine vétérinaire et membre de l’institut Narilis de l’UNamur, ce consortium se penche sur l’identification et la compréhension de nouveaux ARN circulaires viraux et vise à caractériser leur implication dans la réplication virale et la cancérogenèse. 

Le cancer du pancréas est l’un des cancers les plus difficiles à diagnostiquer et à traiter. Lorsqu’il est détecté, la maladie est souvent déjà à un stade avancé, parfois avec des métastases. Pour traiter cette maladie, les patients peuvent avoir recours à de la chirurgie, pour une ablation partielle ou totale du pancréas, à de la chimiothérapie ou à de la chimioradiothérapie (chimiothérapie + radiothérapie), mais ces traitements sont rarement curatifs.

Pour contrer cette réalité, l’équipe de Marc Hennequart, professeur en Faculté de médecine et membre de l’Institut de recherche Namur Research Institute for Life Sciences, cherche à comprendre les toutes premières étapes de la transformation cellulaire dans le pancréas et plus précisément les changements métaboliques précoces qui accompagnent la transition des cellules acinaires, normalement dédiées à la production d’enzymes digestives, en cellules ductales. Ce processus, indispensable à la régénération du tissu pancréatique après une blessure ou une inflammation, peut devenir irréversible lorsqu’il est associé à des mutations oncogéniques et et mènera au fil du temps au développement d’un cancer.

« C’est pourquoi nous nous intéressons aux vulnérabilités métaboliques des cellules à un stade précoce, lorsqu’elles sont moins capables de réagir à des interventions ciblées. » En ciblant ces fragilités dès les premières phases de la maladie, les chercheurs espèrent ouvrir la voie à des traitements plus efficaces et moins invasifs.

L’un des objectifs de cette recherche est de détecter ces changements métaboliques dans le sang. « Certaines molécules produites par les cellules pancréatiques lors de leur transformation sont excrétées dans la circulation sanguine », explique le chercheur. « Grâce à la spectrométrie de masse, notre équipe cherche à identifier des métabolites, des petites molécules chimiques, qui pourraient servir de biomarqueurs. Si un profil métabolique spécifique peut être corrélé à une évolution vers le cancer, il pourrait déboucher sur un test de dépistage précoce. » Ainsi, il serait possible de proposer une simple prise de sang pour repérer les patients à risque, avant même l’apparition des premiers symptômes. 

« Pour mener à bien ce projet, nous avons eu la chance de recevoir un financement de la Fondation contre le cancer et nous travaillons en collaboration avec le CHU UCL Mont-Godinne et avec le docteur Abdenor Badaoui, spécialiste du pancréas et de l’écho-endoscopie », détaille Marc Hennequart. « Ce partenariat permet de collecter à la fois des échantillons tissulaires et sanguins de patients souffrant de pancréatite chronique ou atteints de cancer du pancréas. Ce financement est essentiel, car il garantit une sécurité budgétaire sur quatre ans et permet de recruter du personnel pour étendre nos capacités de recherche », précise le professeur Hennequart.

Ce Grant national, très compétitif, est une reconnaissance importante pour Marc Hennequart, qui a rejoint l’UNamur après une carrière internationale marquante. Docteur en Sciences biomédicales de l’UCLouvain et ancien chercheur au Francis Crick Institute à Londres, il apporte une expertise précieuse à l’université.

• Le pancréas fait partie de l’appareil digestif. Il s’agit d’une glande qui se trouve derrière l’estomac et qui joue un rôle essentiel dans la digestion (production d’enzymes) et la régulation du sucre dans le sang (sécrétion d’insuline).
• Le cancer du pancréas est le 8e cancer le plus fréquent en Belgique.
• Le cancer du pancréas peut mettre 10 à 20 ans à se développer silencieusement avant de devenir symptomatique.
• Moins de 10 % des patients atteints d’un cancer du pancréas survivent au-delà de 5 ans après le diagnostic.

Les travaux sur le cancer du pancréas sont menés au sein du Laboratoire de chimie physiologique, rattaché à l’Unité de Recherche en Physiologie Moléculaire (URPhyM) de l’Université de Namur. Le thème de recherche général est le métabolisme des cellules cancéreuses. Le laboratoire, dirigé par le professeur Marc Hennequart, regroupe aujourd’hui cinq chercheurs.