DrawMol

Fonctionalités

Avec DrawMol, vous pouvez :

Construisez une structure en cliquant et en faisant glisser pour ajouter des atomes et des liaisons. Vous pouvez ensuite affiner votre structure en un seul clic en utilisant l'optimisation du champ de force UFF. Lors de la construction d'une structure, DrawMol peut deviner pour vous le type de liaisons (simples, doubles, triples ou aromatiques) ou vous pouvez le forcer en cliquant sur une liaison. De plus, les atomes d'hydrogène peuvent être ajoutés automatiquement
Enregistrez votre structure au format xyz ou créez directement un fichier d'entrée gaussien ou Gamess. Pour Gamess, si le programme est installé localement, vous pouvez même lancer le travail à partir de DrawMol (en arrière-plan) et suivre la progression du travail.
Collez directement une structure dans l'éditeur cartésien de DrawMol. Il peut reconnaître les formats XYZ, Gaussien, Gamess, Turbomole et Z-matrix. L'éditeur Cartésien peut également être utilisé pour sortir la structure dans n'importe lequel de ces formats ainsi que pour modifier une structure donnée en ajoutant/supprimant certains atomes ou en changeant un élément atomique donné.
Importez une structure de la base de données ChemSpider

Ouvrez les formats de fichiers XYZ, MDL molfile, Gaussian log, Gaussian fchk, Gamess log, Dalton out, Molpro out.
En plus de la structure moléculaire, DrawMol peut lire diverses propriétés moléculaires (pour l'instant uniquement disponible pour le format de fichier Gaussian fchk) :
- Charges de Mulliken
- Moment dipolaire
- Polarisabilité et première hyperpolarisabilité
- Modes normaux vibrationnels
- Boucliers magnétiques (RMN)
- Orbitales moléculaires à partir de l'ensemble de base et des coefficients LCAO
Visualisation des propriétés moléculaires :
- Étiquettes des atomes
- Charges de Mulliken
- Déplacements chimiques en RMN
- Vecteur du moment dipolaire
- Vecteur bêta
- Représentation de la sphère unitaire de la polarisabilité et de l'hyperpolarisabilité
- Déplacements atomiques des modes normaux d'une vibration via des vecteurs, des sphères ou même des animations
- Isosurfaces d'orbitales moléculaires
Ouvrez des fichiers de cubes gaussiens et visualisez les isosurfaces de la date stockée.

Pour faire coïncider deux molécules ou fragments l'un avec l'autre en utilisant une procédure d'appariement (approche des moindres carrés).
Pour orienter l'axe Z d'une molécule de manière à ce qu'il soit perpendiculaire à un plan formé par trois atomes ou plus, ou qu'il passe par deux atomes ou plus, en utilisant une approche des moindres carrés.

En tant qu'image soit en png, tiff, jpeg ou dae (Collada)
En tant que film pour l'animation des modes normaux
En tant que fichier XYZ, CIF, PDB
En tant que fichier h5mol. Ce format est essentiellement un conteneur HDF5 qui stocke toutes les propriétés moléculaires ainsi que les préférences de visualisation. Ce fichier peut être lu par DrawMol mais peut aussi être analysé facilement en utilisant C, Fortran, Python, ... et même être déchargé (avec l'utilitaire h5dump) dans un fichier ascii (voir https://www.hdfgroup.org pour plus de détails).