Le Département d’archéologie et sciences de l’art fut créé en 1961 par A. Ghéquière, s. j. qui assura pendant de nombreuses années la presque totalité de l'enseignement dispensé aux étudiants des deux candidatures. Au départ, tous les étudiants avaient le même programme et leur formation portait donc sur tous les aspects et les périodes de l'Histoire de l'Art et de l'Archéologie. 

Petit à petit, d'autres enseignants intervinrent dans le programme et, en 1983, le département s'élargit et se diversifia. À partir de cette date, les étudiants choisirent, dès la première année, entre deux options : la première recouvrait l'Antiquité, tandis que la seconde envisageait l'art et l'archéologie du Moyen Âge, des Temps modernes et de l'Époque contemporaine. 

Le nombre d'étudiants, d'enseignants et de chercheurs augmenta régulièrement et les recherches se diversifièrent. De nouveaux cours furent introduits : techniques de fouilles, archéologie gallo-romaine et du haut Moyen Âge, art contemporain, questions d'Histoire de l'Art et Archéologie et initiation à la photographie, aux relevés et au dessin archéologique. Des visites de sites et de musées ainsi qu'un voyage annuel furent organisés. 

L'introduction du décret de Bologne dans le système universitaire belge entraîna de nouveaux changements pour le Département d’archéologie et sciences de l’art de Namur, qui accueille depuis les trois années de baccalauréat. L'organisation du bachelier permet l'introduction de cours nouveaux, traitant de sujets spécifiques tels que la muséologie, l’iconologie, l’esthétique et les théories de l’art, la gestion du patrimoine, la gestion de chantiers archéologiques, l'archéologie du bâtiment ou encore l'archéométrie. 

Le Département, jusqu’ici dénommé « Département d’histoire de l’art et archéologie », a récemment changé de nom. L’appellation « Archéologie et sciences de l’art » vise à mieux refléter l’évolution des méthodes de recherches, à la croisée des sciences humaines et disciplines scientifiques.