Savoir appliquer des analyses de régression
Apprendre à faire et interpréter les alignements de séquences et les arbres de regroupement.
Savoir appliquer une boîte à outils diverses pour faire des analyses avancées en sciences de la vie.
Ce cours initiera les étudiants à la bioinformatique. Les étudiants apprendront à effectuer des alignements de séquences, comprendront comment dériver et interpréter les scores d'alignement et apprendront à regrouper des données.
Le cours comprend deux modules principaux : statistiques et bioinformatique.
Statistiques:
1. ANOVA 1 et 2
2. Tests non-paramétriques
3. Régression linéaire multiple
4. ANCOVA
5. Modèles linéaires mixtes
Bioinformatique
6. Alignements de séquences
7. Regroupement de données.
Séances de TPs en ordinateur, en utilisant le logiciel R et logiciels de alignements de sequences.
L'évaluation est divisée en questions théoriques et résolution d'exercices, tant pour les modules de statistiques que de bioinformatique.
Résolution d'exercices: séances pratiques programmées pendant le quadrimestre (2 seances stats + 1 séance bioinfo),
Stats: analyse de données statistiques sur ordinateur, à livre ouvert, avec R.
Bioinfo: Analyses de sequences et regroupement de données, à livre ouvert.
Evaluation théorie:
Stats: Questions théoriques (pas obligatoires) après le TP du sujet concerné (10 mins), au début du TP suivant. Lors de ces tests, vous ne pourrez pas consulter le cours ni accéder à internet. Ces tests de pré-session peuvent vous accorder la dispense de l'examen de théorie de première session. Pour obtenir la note de pré-session on supprime la note la plus basse, et on fait la moyenne du reste. Pour obtenir la dispense de l'examen de théorie , l'étudiant doit avoir réussi une majorité de tests (nombre de tests - 2) et avoir une note moyenne supérieure à 10.
Ceux qui ne passent pas les examens théoriques ou ne réussissent pas, passent l'examen théorique en première session.
Les étudiants qui, malgré la réussite des mini-tests, souhaitent passer l'examen dès la première session peuvent le faire. Cela implique qu'ils renoncent à leur note de pré-session pour la partie théorique.
Bioinformatics: La théorie du module bioinformatique sera évaluée avec la partie pratique. Les étudiants doivent discuter et interpréter les résultats des exercices pratiques et répondre à la théorie sous-jacente associée.
La note globale est laissée à l’appréciation de l’équipe enseignante sur base de la note des mini-tests ou de l’examen de juin (40%), la note de TPs (40%) et la note de la partie bioinformatique (20%). Pour réussir l’ UE une note globale >10 est nécessaire. Cependant, une note d'au moins 8 dans chaque partie (Exercices de résolution et théorie) pour chacun des modules, Statistiques et Bioinformatique, est nécessaire pour réussir l’unité d’enseignement (UE). Sinon la moyenne est plafonnée à 9.
La participation de l’étudiant pendant le cours peut lui donner un bonus pouvant atteindre 0,5 point sur la cote de première session.
1. Matériel accessible sur webcampus
2. Facultative: Mohr, D. L., et al. (2021). Statistical Methods, Elsevier Science.