Les équipes de chercheurs de l'institut NISM travaillent sur divers sujets de recherche en chimie organique, chimie physique, chimie des matériaux, science des surfaces, chimie du solide et physique, d'un point de vue théorique et expérimental.

Les chercheurs échangent et partagent des compétences et des idées dans le domaine de la synthèse et de la fonctionnalisation de systèmes moléculaires et de matériaux innovants, de 0 à 3 dimensions.  Ils visent également à faciliter la conception rationnelle de solides ayant des architectures et des propriétés de surface spécifiques, tout en développant des techniques avancées pour l'étude de leurs propriétés physico-chimiques.

Logo institut de recherche NISM

Les pôles de recherche de NISM

La recherche au NISM est identifiée par quatre pôles, qui soulignent les principales activités scientifiques menées au sein de l'institut. Chaque pôle est une structure bien définie avec des membres, et il est géré par le représentant du pôle. La structuration des pôles n'empêche pas une coopération permanente entre eux. Il existe en effet une interaction bien établie entre les différents pôles, par le biais de projets communs, de conférences, de séminaires, de cotutelles de thèses de master et de doctorat, entre autres.

Calcul à haute performance - Modélisation multi-échelle

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Matérieaux structurés fonctionnels

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Optique non linéaire et photonique

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Surfaces, interfaces et nanostructures de carbone

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À la une

Actualités

Une prestigieuse distinction pour le Prof. Bao-Lian SU

Chimie
Durable

Lors du 12ème congrès international des matériaux mésostructurés (IMMA) qui a eu lieu du 8 au 12 juillet à Montpellier, le Prof. Bao-Lian Su a été réélu président de l'Association internationale des matériaux mésostructurés (IMMA). 

Bao-Lian Su et son équipe au Congrès

Le Prof. Bao-Lian Su assurera la présidence de l’Association internationale des matériaux mésostructurés (IMMA) pour le deuxième mandat consécutif (chaque mandat ayant une durée de 2 ans). Ce congrès a réuni plusieurs centaines de scientifiques venant de plus de 20 pays différents. Le Prof. Bao-Lian Su avait déjà été élu président de l’association IMMA en 2021 lors du 11th congrès international des matériaux structurés. Il s’agissait du premier belge à recevoir cet honneur. Il y avait reçu le prestigieux “IMMA Award” pour récompenser sa contribution significative au développement des matériaux mésostructurés. Il est le premier belge à avoir reçu cet honneur. Ce nouveau mandat de président de l’IMMA se termine en 2026. 

Le congrès était axé sur des applications telles que le stockage et la conversion d’énergie, la biotechnologie, des applications en catalyse, des aspects environnementaux tels que l’adsorption/séparation et la purification des gaz. 

Naissance de l’International Mesostructured Materials Association (IMMA)

Depuis la découverte d'une famille de matériaux mésoporeux : MCM-41, MCM-48 et MCM-50 par les scientifiques de Mobil en 1992, un énorme effort de recherche a été généré. Les matériaux mésoporeux ont immédiatement constitué un domaine d’intérêt important. Une structure mésoporeuse réduit sensiblement le nombre de mailles cristallines du matériau, ce qui modifie significativement ses propriétés chimiques. Vu cette importante avancée dans le domaine, il devenait primordial de créer une organisation rassemblant tous les chercheurs de ce domaine afin d'établir une nouvelle plateforme et de promouvoir les échanges scientifiques dans le domaine. C’est ainsi que l’IMMA a été créée en 2000.  

Le Prof. Su a créé une nouvelle famille de matériaux mésoporeux reconnue par la communauté scientifique sous le nom “CMI”. Il s’agit d’une famille de matériaux mésoporeux à base de silice et d’oxydes de métaux synthétisés à partir d’un surfactant très innovant de type “polyoxyethylène alkyl ether” dans des conditions très douces.  

L’équipe du Prof. Su a été la première à utiliser ce type de surfactant comme agent directeur de structure mésoporeuse. L’équipe a également été pionnière dans le domaine des matériaux poreux hiérarchisés en découvrant le phénomène de formation qui a conduit à la création d’une nouvelle famille de matériaux poreux hiérarchisés avec trois ou quatre différentes porosités de tailles interconnectées incorporés dans un seul matériau solide. Actuellement, cette nouvelle famille de matériaux constitue un nouveau domaine de recherches d’un grand intérêt dans le domaine de conversion et stockage de l’énergie (batteries et photocatalyse) mais aussi dans le domaine de la capture et la valorisation du CO2 par la catalyse. 

Le Prof. Bao-Lian Su est membre du pôle Matériaux Structurés Fonctionnels (FSM) du Namur Institute of Structured Matter (NISM) et de l’Unité de Chimie des Nanomatériaux (UCNano) du Département de chimie, qui regroupe les laboratoires de Chimie des Matériaux Inorganiques (CMI) et de Chimie des Matériaux Appliqués (CMA). 

Bao-Lian Su

BatFactory – Vers les batteries du futur

Récemment, le Prof. Bao-Lian Su a organisé le lancement du nouveau portefeuille de projets BatFactory, financé dans le cadre du Plan de relance wallon. 

BatFactory vise à produire des batteries et des composants de batteries pour le stockage stationnaire de l'énergie électrique et les applications collectives. Le projet vise à tirer parti de l'expertise de la région wallonne en matière de R&I pour soutenir le développement d'entreprises locales. Parallèlement, il vise à produire des matériaux performants pour des batteries de stockage instrumentées en utilisant des procédés intelligents, respectueux de l'environnement et améliorant la circularité. Ce projet s'inscrit dans le cadre du plan de relance et reflète l’engagement du chercheur en faveur de l'innovation et des solutions énergétiques durables. 

Guillaume Berionni représentant belge à la société européenne de chimie

Chimie

Un an après l’obtention d’un financement du Conseil Européen de la Recherche (ERC) pour son projet B-Yond, le Prof Guillaume Berionni vient d’être nommé membre de la prestigieuse société européenne de chimie Chemistry Europe. Cette distinction fait de lui le nouveau représentant pour la Belgique pour une période de 2 ans.

Guillaume Berionni

Guillaume Berionni est membre du Namur Institute of Structured Matter (NISM). Il dirige actuellement une équipe de recherche composée de 14 doctorants, post-doctorants et étudiants en master. Le projet B-YOND financé par l’instrument du Conseil Européen de la Recherche ERC CoG, s’intéresse à la modification des propriétés d’éléments chimiques en vue d’amorcer la création d’une nouvelle génération de catalyseurs plus durables et plus accessibles. Cette bourse de 5 ans permet à des scientifiques exceptionnels de mettre en œuvre des concepts novateurs et renforce ainsi le paysage européen de la recherche.

Chemistry Europe, la Société européenne de chimie, est une organisation représentant les sociétés nationales de chimie et d'autres organisations liées à la chimie en Europe.  Objectif : créer une plateforme de discussion scientifique et à fournir une voix européenne unique et impartiale sur les questions politiques clés dans le domaine de la chimie et des domaines connexes.

Représentant plus de 130 000 chimistes issus de 50 sociétés membres, dont la Société Royale de Chimie (SRC) et les Jeunes Chimistes de la SRC pour le volet francophone belge, ainsi que d'autres organisations liées à la chimie en Europe, Chemistry Europe associée à l'organisation EuChemS s'appuie sur un réseau unique de chercheurs actifs dans tous les domaines de la chimie.

En promouvant la chimie et en fournissant son expertise et ses conseils scientifiques, Chemistry Europe et EuChemS visent à participer à la résolution des grands défis sociétaux actuels.

Une belle reconnaissance de l’expertise du chercheur dans le domaine de la conception de catalyseurs et de matériaux durable.  Félicitations à lui !

Ce projet a été financé par le Conseil européen de la recherche (CER) dans le cadre du programme de recherche et d'innovation Horizon Europe de l'Union européenne (convention de subvention n° 101044649.

Combattre les maladies avec des simulations numériques

Chimie

Dernièrement, et grâce à LUMI, l’un des plus gros supercalculateurs européens, les limites de nos connaissances en matière de membranes lipidiques de cellules ont été repoussées. Une équipe de chercheurs namurois, composée du Professeur Benoît Champagne et des Docteurs Pierre Beaujean et Charlotte Bouquiaux, vient de publier dans la revue Journal of Chemical Information and Modeling. Les résultats de cette étude ouvrent la voie pour de nouvelles approches dans le domaine de la thérapie lipidique membranaire.

3d cell membrane representation

Une membrane lipidique, c’est quoi ?

Les membranes lipidiques sont des structures omniprésentes dans les cellules de tous les organismes unicellulaires et multicellulaires. Prenons l’exemple de la paroi d’une cellule, aussi appelée membrane plasmique, dont la fonction est de séparer l'intérieur de la cellule de l'extérieur : c’est en quelque sorte son armure. Elle est composée d’une vaste diversité d’acides gras (lipides) qui lui confèrent des propriétés toutes particulières.  Si l'on considère l'énorme variété d'espèces lipidiques disponibles, on peut commencer à saisir l'énorme complexité de ce système. 

Il avait déjà été constaté que des modifications de la composition des membranes lipidiques peuvent être indicatrices de la présence de certaines maladies, telles que le cancer, le diabète de type 2, ou encore les maladies d'Alzheimer et de Parkinson.  Dès lors, connaître la composition des membranes lipidiques de cellules malades et la comparer à celle d’une cellule saine permettrait sans aucun doute de trouver des moyens nouveaux pour diagnostiquer ces maladies.  Les études expérimentales de l'organisation des membranes cellulaires restent cependant difficiles techniquement.  Heureusement, les simulations informatiques peuvent aider à compléter les informations manquantes. Ainsi, la modélisation moléculaire s’avère être un outil crucial pour étudier la morphologie des systèmes complexes et fournir des images tridimensionnelles en temps réel de ces systèmes avec une résolution atomistique.

LUMI, un supercalculateur européen

Le supercalculateur LUMI (Large Unified Modern Infrastructure) est l’un des éléments de l’entreprise commune européenne pour le calcul à haute performance (HPC), nommée EuroHPC JU. Cette dernière coordonne la mise en commun des ressources européennes pour développer des supercalculateurs haut de gamme pour le traitement des données volumineuses ou la réalisation de calculs complexes. Plus précisément, LUMI, c’est le supercalculateur le plus rapide d’Europe et le 5e plus rapide à l’échelle mondiale. Situé en Finlande, il est géré par le consortium LUMI, dont la Belgique fait partie, aux côtés de la Finlande, la République tchèque, le Danemark, l'Estonie, l'Islande, la Norvège, la Pologne, la Suède et la Suisse.

Ce consortium fournit un écosystème HPC de haute qualité, rentable et durable sur le plan environnemental (une alimentation basée sur l’utilisation de l’hydroélectricité alors que l’excédent est utilisé pour chauffer la ville voisine). Au cœur de l'expertise du consortium se trouve une solide tradition de collaboration en matière de formation et d'éducation au calcul intensif, d'assistance aux utilisateurs et de services de gestion des données.

Un peu de chimie quantique et théorique

L’équipe de chercheurs namurois a utilisé la superpuissance de calcul de LUMI pour repousser les limites actuelles de notre connaissance.  En effet, il leur été possible d’étudier en détails l’évolution d’une membrane plasmique réaliste possédant une composition similaire à celle d’une cellule saine. En incluant pas moins de 42 types de lipides différents couvrant une large variété de lipides, et des molécules de cholestérol, pour un total de plus de 3 millions d’atomes, ce travail représente réellement un exploit computationnel. Plus précisément, ils se sont intéressés à l’influence de la composition lipidique sur la réponse optique non-linéaire (ONL) de molécules sondes, des chromophores, insérés dans des membranes de complexité croissante. L’optique non-linéaire est une technique d’analyse très sensible, et le but de cette étude était de vérifier que l’environnement des chromophores, et donc la composition de la membrane, induisait des changements suffisamment importants dans cette réponse ONL pour être détectés.

Pour ce faire, des simulations numériques ont été utilisées. Elles combinent la dynamique moléculaire (afin de connaitre l’évolution temporelle du système) et les calculs de chimie quantique (pour prédire la réponse ONL). Ensuite, en combinant les résultats obtenus avec des outils de machine learning, il a été possible de mettre en évidence les facteurs qui influencent la réponse ONL dans cet environnement complexe, ouvrant la voie à l’étude d’autres membranes cellulaires, cette fois-ci typiques de cellules malades.

Légende de l'image : Simulation d’une membrane plasmique idéale incluant pas moins de 42 types de lipides différents et couvrant une large variété de lipides (acide phosphatidique [PA], phosphatitylcholine [PC], phosphatitylethanolamine [PE], phosphatitylinositol [PI], phosphatitylsérine [PS], sphingomyeline [SM], et diaglycerol [DAG]), des molécules de cholestérol [CHL], ainsi que des molécules sondes [di-8-ANEPPS] ayant une réponse optique non-linéaire [ONL], pour un total de plus de 3 millions d’atomes.

Dans l'ensemble, ce travail constitue un premier pas vers la compréhension de la coopération, de la synergie et des interactions qui se produisent dans les membranes lipidiques et ouvre de nouvelles pistes pour la conception de médicaments dans le domaine de la thérapie par les lipides membranaires.

Accéder à la publication Journal of Chemical Information and Modeling: "Multimillion Atom Simulations of Di-8-ANEPPS Chromophores Embedded in a Model Plasma Membrane: Toward the Investigation of Realistic Dyed Cell Membranes"

Benoît Champagne - CV Express

Evènements à venir

Le 50e anniversaire de la première promotion des Licences au Département de Chimie de l'UNamur sera célébré le samedi 20 avril 2024 à l’UNamur, dans l'après-midi et en soirée.  Plus d'infos...

Le Congrès des Chimistes Théoriciens d'Expression Latine (CHITEL) est une rencontre annuelle et historique dédiée à la chimie théorique. L'édition 2024 se tiendra à Namur, en Belgique, en juin-juillet 2024.  Plus d'infos...

Benoît Champagne: Aux fondements de la matière

Chimie

Benoît Champagne est un chimiste d’un genre un peu particulier. Les atomes et molécules avec lesquels il travaille ne se trouvent pas dans un tube à essai, mais bien dans un ordinateur. Grâce à des outils de modélisation toujours plus puissants, ce spécialiste de chimie théorique et de chimie quantique n’a rien perdu de son émerveillement face à l’infiniment petit.

Benoît Champagne

Cet article est tiré de la rubrique "Expert" du magazine Omalius#31 (décembre 2023)

Omalius : Qu’est-ce que la chimie théorique, et quelles sont les questions qu’elle explore ?

Benoît Champagne : La chimie théorique cherche à comprendre comment est constituée la matière à l’échelle nanométrique, et quelles sont les propriétés qui en découlent. En d’autres termes, nous partons des atomes, pour ensuite essayer de comprendre de quelle manière ils sont liés les uns aux autres et quelles en sont les conséquences. Et alors que certains chimistes travaillent expérimentalement, en synthétisant des molécules, ou en les analysant grâce à, par exemple, des techniques de spectrophotométrie, nous travaillons quant à nous avec un outil informatique, en réalisant des simulations numériques de ces molécules et de leurs interactions.

O. : Pourquoi parle-t-on également de chimie quantique ?

B.C. : Pour obtenir des informations sur les molécules, il est nécessaire de prendre en compte les lois quantiques qui s’appliquent à une si petite échelle. Lorsqu’on lui apporte une certaine quantité d’énergie, grâce à un rayonnement par exemple, une molécule peut changer d’état, et passer de l’état fondamental à l’état excité, ce qui nous permet de recueillir certaines informations. C’est là notre point de départ. Nous essayons ensuite de développer de nouveaux outils pour passer aux étapes suivantes. Car une fois mises en œuvre dans des applications, les molécules ne sont pas isolées. Elles sont au contraire plusieurs centaines de milliers ! Il est donc nécessaire de tenir compte de l’environnement. Et comme les méthodes que nous utilisons nécessitent d’importantes capacités de calcul, nous combinons alors des méthodes de simulation quantique, pour une molécule, à des méthodes plus classiques, une fois qu’on cherche à simuler cet environnement.

O. : Quelles propriétés de la matière cherchez-vous à explorer ?

B.C. : Notre laboratoire travaille depuis une vingtaine d’années sur les propriétés optiques non linéaires des molécules. Prenons l’exemple d’un pointeur laser. Celui-ci génère une lumière qui n’est pas visible, puisque sa longueur d’onde se situe dans l’infrarouge, à 1064 nanomètres. Pourtant, sur le mur, on distingue bien un point vert ! Cela est dû à un cristal qui est situé sur le trajet de la lumière, et qui combine deux photons en un seul, doublant ainsi la longueur d’onde, à 532 nm. Les applications sont bien concrètes, comme en microscopie, pour mieux visualiser certaines structures du vivant. Mais ces débouchés ne sont pas étudiés dans ce laboratoire, car nous nous intéressons avant tout au cristal lui-même, et aux molécules qui présentent des propriétés similaires. 

O. : Quelles peuvent être les spécificités de ces propriétés ?

B.C. : Tout comme les mains sont l’image l’une de l’autre dans un miroir, certaines molécules ne diffèrent que par le sens dans lequel sont agencés leurs atomes. Pour une même formule chimique, on peut donc avoir plusieurs molécules différentes. On dit alors qu’elles sont chirales, et cela a une influence sur la lumière. Dans le vivant par exemple, beaucoup de molécules sont de cette nature. Et comme deux molécules chirales réagissent différemment en fonction de l’environnement, on peut alors se servir de ces molécules comme d’une sonde. Mais pour cela il est nécessaire de bien comprendre leur structure, et la manière dont elles interagissent avec d’autres. Pour cette raison, nos travaux ont souvent pour base des questions de chercheurs de disciplines expérimentales, comme des biochimistes, qui cherchent à utiliser les propriétés d’une molécule bien précise, ou des spectroscopistes, qui développent de nouvelles techniques de détection et de mesure.

O. : La lumière est-elle le seul moyen d’étudier les propriétés des molécules ?

B.C. : Non, nous menons également des projets de recherche centrés sur la réactivité chimique, dont celle des acides et des bases dites de Lewis, avec le professeur Guillaume Berionni. Il s’agit simplement de molécules « donneurs » d’électrons, dans le cas de la base, ou « accepteurs » d’électrons, dans le cas de l’acide. Mais si on met en regard un acide et une base de Lewis, tout en les empêchant physiquement de se rencontrer, on crée ce qu’on appelle une paire de Lewis frustrée. Ce site où des électrons peuvent alors « voyager » crée un catalyseur puissant, qui peut activer d’autres molécules, et entraîner des réactions qui ne seraient autrement possibles qu’avec des métaux dits de transition, potentiellement plus polluants.

O. : Toutes ces simulations nécessitent une puissance informatique conséquente. Comment procédez-vous ?

B.C. : Toutes nos simulations sont effectuées grâce à des supercalculateurs. Nous faisons partie du Consortium des Équipements de Calcul Intensif (CECI), un consortium interuniversitaire soutenu par le FNRS et la Région wallonne. En fonction de nos besoins, nous pouvons utiliser les supercalculateurs de l’UNamur, ou des autres universités en Fédération Wallonie Bruxelles, qui ont chacun des spécificités propres. Ensuite, si nous avons besoin de plus de ressources, nous pouvons faire appel à Lucia, le supercalculateur wallon. Enfin, il peut arriver que nous ayons encore besoin de puissance supplémentaire, comme lors d’un projet qui modélisait près de 3 millions d’atomes. Dans ce cas, nous pouvons utiliser le supercalculateur européen, LUMI, basé en Finlande et qui a été en partie financé par la Belgique et la Région wallonne. Il s’agit d’une machine partagée par 10 pays, une initiative unique en Europe.

Thibault Grandjean

CV EXPRESS

  • 1992 : Docteur en Sciences (UNamur)
  • 1994 : Prix IBM Belgium
  • 2001 : Agrégé de l'Enseignement Supérieur (UNamur)
  • 2012-2015 : Professeur de recherche Francqui
  • 2010-2016 : Président du Consortium des Équipements de Calcul Intensif (CÉCI)
  • 2020 : Chemistry Europe Fellow
  • Directeur de la revue Chimie Nouvelle
  • Membre du Pôle High Performance Computing (HPC) Multiscale Modelling du Namur Institute of Structured Matter (NISM)

Cet article est tiré de la rubrique "Far away" du magazine Omalius#31 (Décembre 2023).

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Une prestigieuse distinction pour le Prof. Bao-Lian SU

Chimie
Durable

Lors du 12ème congrès international des matériaux mésostructurés (IMMA) qui a eu lieu du 8 au 12 juillet à Montpellier, le Prof. Bao-Lian Su a été réélu président de l'Association internationale des matériaux mésostructurés (IMMA). 

Bao-Lian Su et son équipe au Congrès

Le Prof. Bao-Lian Su assurera la présidence de l’Association internationale des matériaux mésostructurés (IMMA) pour le deuxième mandat consécutif (chaque mandat ayant une durée de 2 ans). Ce congrès a réuni plusieurs centaines de scientifiques venant de plus de 20 pays différents. Le Prof. Bao-Lian Su avait déjà été élu président de l’association IMMA en 2021 lors du 11th congrès international des matériaux structurés. Il s’agissait du premier belge à recevoir cet honneur. Il y avait reçu le prestigieux “IMMA Award” pour récompenser sa contribution significative au développement des matériaux mésostructurés. Il est le premier belge à avoir reçu cet honneur. Ce nouveau mandat de président de l’IMMA se termine en 2026. 

Le congrès était axé sur des applications telles que le stockage et la conversion d’énergie, la biotechnologie, des applications en catalyse, des aspects environnementaux tels que l’adsorption/séparation et la purification des gaz. 

Naissance de l’International Mesostructured Materials Association (IMMA)

Depuis la découverte d'une famille de matériaux mésoporeux : MCM-41, MCM-48 et MCM-50 par les scientifiques de Mobil en 1992, un énorme effort de recherche a été généré. Les matériaux mésoporeux ont immédiatement constitué un domaine d’intérêt important. Une structure mésoporeuse réduit sensiblement le nombre de mailles cristallines du matériau, ce qui modifie significativement ses propriétés chimiques. Vu cette importante avancée dans le domaine, il devenait primordial de créer une organisation rassemblant tous les chercheurs de ce domaine afin d'établir une nouvelle plateforme et de promouvoir les échanges scientifiques dans le domaine. C’est ainsi que l’IMMA a été créée en 2000.  

Le Prof. Su a créé une nouvelle famille de matériaux mésoporeux reconnue par la communauté scientifique sous le nom “CMI”. Il s’agit d’une famille de matériaux mésoporeux à base de silice et d’oxydes de métaux synthétisés à partir d’un surfactant très innovant de type “polyoxyethylène alkyl ether” dans des conditions très douces.  

L’équipe du Prof. Su a été la première à utiliser ce type de surfactant comme agent directeur de structure mésoporeuse. L’équipe a également été pionnière dans le domaine des matériaux poreux hiérarchisés en découvrant le phénomène de formation qui a conduit à la création d’une nouvelle famille de matériaux poreux hiérarchisés avec trois ou quatre différentes porosités de tailles interconnectées incorporés dans un seul matériau solide. Actuellement, cette nouvelle famille de matériaux constitue un nouveau domaine de recherches d’un grand intérêt dans le domaine de conversion et stockage de l’énergie (batteries et photocatalyse) mais aussi dans le domaine de la capture et la valorisation du CO2 par la catalyse. 

Le Prof. Bao-Lian Su est membre du pôle Matériaux Structurés Fonctionnels (FSM) du Namur Institute of Structured Matter (NISM) et de l’Unité de Chimie des Nanomatériaux (UCNano) du Département de chimie, qui regroupe les laboratoires de Chimie des Matériaux Inorganiques (CMI) et de Chimie des Matériaux Appliqués (CMA). 

Bao-Lian Su

BatFactory – Vers les batteries du futur

Récemment, le Prof. Bao-Lian Su a organisé le lancement du nouveau portefeuille de projets BatFactory, financé dans le cadre du Plan de relance wallon. 

BatFactory vise à produire des batteries et des composants de batteries pour le stockage stationnaire de l'énergie électrique et les applications collectives. Le projet vise à tirer parti de l'expertise de la région wallonne en matière de R&I pour soutenir le développement d'entreprises locales. Parallèlement, il vise à produire des matériaux performants pour des batteries de stockage instrumentées en utilisant des procédés intelligents, respectueux de l'environnement et améliorant la circularité. Ce projet s'inscrit dans le cadre du plan de relance et reflète l’engagement du chercheur en faveur de l'innovation et des solutions énergétiques durables. 

Guillaume Berionni représentant belge à la société européenne de chimie

Chimie

Un an après l’obtention d’un financement du Conseil Européen de la Recherche (ERC) pour son projet B-Yond, le Prof Guillaume Berionni vient d’être nommé membre de la prestigieuse société européenne de chimie Chemistry Europe. Cette distinction fait de lui le nouveau représentant pour la Belgique pour une période de 2 ans.

Guillaume Berionni

Guillaume Berionni est membre du Namur Institute of Structured Matter (NISM). Il dirige actuellement une équipe de recherche composée de 14 doctorants, post-doctorants et étudiants en master. Le projet B-YOND financé par l’instrument du Conseil Européen de la Recherche ERC CoG, s’intéresse à la modification des propriétés d’éléments chimiques en vue d’amorcer la création d’une nouvelle génération de catalyseurs plus durables et plus accessibles. Cette bourse de 5 ans permet à des scientifiques exceptionnels de mettre en œuvre des concepts novateurs et renforce ainsi le paysage européen de la recherche.

Chemistry Europe, la Société européenne de chimie, est une organisation représentant les sociétés nationales de chimie et d'autres organisations liées à la chimie en Europe.  Objectif : créer une plateforme de discussion scientifique et à fournir une voix européenne unique et impartiale sur les questions politiques clés dans le domaine de la chimie et des domaines connexes.

Représentant plus de 130 000 chimistes issus de 50 sociétés membres, dont la Société Royale de Chimie (SRC) et les Jeunes Chimistes de la SRC pour le volet francophone belge, ainsi que d'autres organisations liées à la chimie en Europe, Chemistry Europe associée à l'organisation EuChemS s'appuie sur un réseau unique de chercheurs actifs dans tous les domaines de la chimie.

En promouvant la chimie et en fournissant son expertise et ses conseils scientifiques, Chemistry Europe et EuChemS visent à participer à la résolution des grands défis sociétaux actuels.

Une belle reconnaissance de l’expertise du chercheur dans le domaine de la conception de catalyseurs et de matériaux durable.  Félicitations à lui !

Ce projet a été financé par le Conseil européen de la recherche (CER) dans le cadre du programme de recherche et d'innovation Horizon Europe de l'Union européenne (convention de subvention n° 101044649.

Combattre les maladies avec des simulations numériques

Chimie

Dernièrement, et grâce à LUMI, l’un des plus gros supercalculateurs européens, les limites de nos connaissances en matière de membranes lipidiques de cellules ont été repoussées. Une équipe de chercheurs namurois, composée du Professeur Benoît Champagne et des Docteurs Pierre Beaujean et Charlotte Bouquiaux, vient de publier dans la revue Journal of Chemical Information and Modeling. Les résultats de cette étude ouvrent la voie pour de nouvelles approches dans le domaine de la thérapie lipidique membranaire.

3d cell membrane representation

Une membrane lipidique, c’est quoi ?

Les membranes lipidiques sont des structures omniprésentes dans les cellules de tous les organismes unicellulaires et multicellulaires. Prenons l’exemple de la paroi d’une cellule, aussi appelée membrane plasmique, dont la fonction est de séparer l'intérieur de la cellule de l'extérieur : c’est en quelque sorte son armure. Elle est composée d’une vaste diversité d’acides gras (lipides) qui lui confèrent des propriétés toutes particulières.  Si l'on considère l'énorme variété d'espèces lipidiques disponibles, on peut commencer à saisir l'énorme complexité de ce système. 

Il avait déjà été constaté que des modifications de la composition des membranes lipidiques peuvent être indicatrices de la présence de certaines maladies, telles que le cancer, le diabète de type 2, ou encore les maladies d'Alzheimer et de Parkinson.  Dès lors, connaître la composition des membranes lipidiques de cellules malades et la comparer à celle d’une cellule saine permettrait sans aucun doute de trouver des moyens nouveaux pour diagnostiquer ces maladies.  Les études expérimentales de l'organisation des membranes cellulaires restent cependant difficiles techniquement.  Heureusement, les simulations informatiques peuvent aider à compléter les informations manquantes. Ainsi, la modélisation moléculaire s’avère être un outil crucial pour étudier la morphologie des systèmes complexes et fournir des images tridimensionnelles en temps réel de ces systèmes avec une résolution atomistique.

LUMI, un supercalculateur européen

Le supercalculateur LUMI (Large Unified Modern Infrastructure) est l’un des éléments de l’entreprise commune européenne pour le calcul à haute performance (HPC), nommée EuroHPC JU. Cette dernière coordonne la mise en commun des ressources européennes pour développer des supercalculateurs haut de gamme pour le traitement des données volumineuses ou la réalisation de calculs complexes. Plus précisément, LUMI, c’est le supercalculateur le plus rapide d’Europe et le 5e plus rapide à l’échelle mondiale. Situé en Finlande, il est géré par le consortium LUMI, dont la Belgique fait partie, aux côtés de la Finlande, la République tchèque, le Danemark, l'Estonie, l'Islande, la Norvège, la Pologne, la Suède et la Suisse.

Ce consortium fournit un écosystème HPC de haute qualité, rentable et durable sur le plan environnemental (une alimentation basée sur l’utilisation de l’hydroélectricité alors que l’excédent est utilisé pour chauffer la ville voisine). Au cœur de l'expertise du consortium se trouve une solide tradition de collaboration en matière de formation et d'éducation au calcul intensif, d'assistance aux utilisateurs et de services de gestion des données.

Un peu de chimie quantique et théorique

L’équipe de chercheurs namurois a utilisé la superpuissance de calcul de LUMI pour repousser les limites actuelles de notre connaissance.  En effet, il leur été possible d’étudier en détails l’évolution d’une membrane plasmique réaliste possédant une composition similaire à celle d’une cellule saine. En incluant pas moins de 42 types de lipides différents couvrant une large variété de lipides, et des molécules de cholestérol, pour un total de plus de 3 millions d’atomes, ce travail représente réellement un exploit computationnel. Plus précisément, ils se sont intéressés à l’influence de la composition lipidique sur la réponse optique non-linéaire (ONL) de molécules sondes, des chromophores, insérés dans des membranes de complexité croissante. L’optique non-linéaire est une technique d’analyse très sensible, et le but de cette étude était de vérifier que l’environnement des chromophores, et donc la composition de la membrane, induisait des changements suffisamment importants dans cette réponse ONL pour être détectés.

Pour ce faire, des simulations numériques ont été utilisées. Elles combinent la dynamique moléculaire (afin de connaitre l’évolution temporelle du système) et les calculs de chimie quantique (pour prédire la réponse ONL). Ensuite, en combinant les résultats obtenus avec des outils de machine learning, il a été possible de mettre en évidence les facteurs qui influencent la réponse ONL dans cet environnement complexe, ouvrant la voie à l’étude d’autres membranes cellulaires, cette fois-ci typiques de cellules malades.

Légende de l'image : Simulation d’une membrane plasmique idéale incluant pas moins de 42 types de lipides différents et couvrant une large variété de lipides (acide phosphatidique [PA], phosphatitylcholine [PC], phosphatitylethanolamine [PE], phosphatitylinositol [PI], phosphatitylsérine [PS], sphingomyeline [SM], et diaglycerol [DAG]), des molécules de cholestérol [CHL], ainsi que des molécules sondes [di-8-ANEPPS] ayant une réponse optique non-linéaire [ONL], pour un total de plus de 3 millions d’atomes.

Dans l'ensemble, ce travail constitue un premier pas vers la compréhension de la coopération, de la synergie et des interactions qui se produisent dans les membranes lipidiques et ouvre de nouvelles pistes pour la conception de médicaments dans le domaine de la thérapie par les lipides membranaires.

Accéder à la publication Journal of Chemical Information and Modeling: "Multimillion Atom Simulations of Di-8-ANEPPS Chromophores Embedded in a Model Plasma Membrane: Toward the Investigation of Realistic Dyed Cell Membranes"

Benoît Champagne - CV Express

Evènements à venir

Le 50e anniversaire de la première promotion des Licences au Département de Chimie de l'UNamur sera célébré le samedi 20 avril 2024 à l’UNamur, dans l'après-midi et en soirée.  Plus d'infos...

Le Congrès des Chimistes Théoriciens d'Expression Latine (CHITEL) est une rencontre annuelle et historique dédiée à la chimie théorique. L'édition 2024 se tiendra à Namur, en Belgique, en juin-juillet 2024.  Plus d'infos...

Benoît Champagne: Aux fondements de la matière

Chimie

Benoît Champagne est un chimiste d’un genre un peu particulier. Les atomes et molécules avec lesquels il travaille ne se trouvent pas dans un tube à essai, mais bien dans un ordinateur. Grâce à des outils de modélisation toujours plus puissants, ce spécialiste de chimie théorique et de chimie quantique n’a rien perdu de son émerveillement face à l’infiniment petit.

Benoît Champagne

Cet article est tiré de la rubrique "Expert" du magazine Omalius#31 (décembre 2023)

Omalius : Qu’est-ce que la chimie théorique, et quelles sont les questions qu’elle explore ?

Benoît Champagne : La chimie théorique cherche à comprendre comment est constituée la matière à l’échelle nanométrique, et quelles sont les propriétés qui en découlent. En d’autres termes, nous partons des atomes, pour ensuite essayer de comprendre de quelle manière ils sont liés les uns aux autres et quelles en sont les conséquences. Et alors que certains chimistes travaillent expérimentalement, en synthétisant des molécules, ou en les analysant grâce à, par exemple, des techniques de spectrophotométrie, nous travaillons quant à nous avec un outil informatique, en réalisant des simulations numériques de ces molécules et de leurs interactions.

O. : Pourquoi parle-t-on également de chimie quantique ?

B.C. : Pour obtenir des informations sur les molécules, il est nécessaire de prendre en compte les lois quantiques qui s’appliquent à une si petite échelle. Lorsqu’on lui apporte une certaine quantité d’énergie, grâce à un rayonnement par exemple, une molécule peut changer d’état, et passer de l’état fondamental à l’état excité, ce qui nous permet de recueillir certaines informations. C’est là notre point de départ. Nous essayons ensuite de développer de nouveaux outils pour passer aux étapes suivantes. Car une fois mises en œuvre dans des applications, les molécules ne sont pas isolées. Elles sont au contraire plusieurs centaines de milliers ! Il est donc nécessaire de tenir compte de l’environnement. Et comme les méthodes que nous utilisons nécessitent d’importantes capacités de calcul, nous combinons alors des méthodes de simulation quantique, pour une molécule, à des méthodes plus classiques, une fois qu’on cherche à simuler cet environnement.

O. : Quelles propriétés de la matière cherchez-vous à explorer ?

B.C. : Notre laboratoire travaille depuis une vingtaine d’années sur les propriétés optiques non linéaires des molécules. Prenons l’exemple d’un pointeur laser. Celui-ci génère une lumière qui n’est pas visible, puisque sa longueur d’onde se situe dans l’infrarouge, à 1064 nanomètres. Pourtant, sur le mur, on distingue bien un point vert ! Cela est dû à un cristal qui est situé sur le trajet de la lumière, et qui combine deux photons en un seul, doublant ainsi la longueur d’onde, à 532 nm. Les applications sont bien concrètes, comme en microscopie, pour mieux visualiser certaines structures du vivant. Mais ces débouchés ne sont pas étudiés dans ce laboratoire, car nous nous intéressons avant tout au cristal lui-même, et aux molécules qui présentent des propriétés similaires. 

O. : Quelles peuvent être les spécificités de ces propriétés ?

B.C. : Tout comme les mains sont l’image l’une de l’autre dans un miroir, certaines molécules ne diffèrent que par le sens dans lequel sont agencés leurs atomes. Pour une même formule chimique, on peut donc avoir plusieurs molécules différentes. On dit alors qu’elles sont chirales, et cela a une influence sur la lumière. Dans le vivant par exemple, beaucoup de molécules sont de cette nature. Et comme deux molécules chirales réagissent différemment en fonction de l’environnement, on peut alors se servir de ces molécules comme d’une sonde. Mais pour cela il est nécessaire de bien comprendre leur structure, et la manière dont elles interagissent avec d’autres. Pour cette raison, nos travaux ont souvent pour base des questions de chercheurs de disciplines expérimentales, comme des biochimistes, qui cherchent à utiliser les propriétés d’une molécule bien précise, ou des spectroscopistes, qui développent de nouvelles techniques de détection et de mesure.

O. : La lumière est-elle le seul moyen d’étudier les propriétés des molécules ?

B.C. : Non, nous menons également des projets de recherche centrés sur la réactivité chimique, dont celle des acides et des bases dites de Lewis, avec le professeur Guillaume Berionni. Il s’agit simplement de molécules « donneurs » d’électrons, dans le cas de la base, ou « accepteurs » d’électrons, dans le cas de l’acide. Mais si on met en regard un acide et une base de Lewis, tout en les empêchant physiquement de se rencontrer, on crée ce qu’on appelle une paire de Lewis frustrée. Ce site où des électrons peuvent alors « voyager » crée un catalyseur puissant, qui peut activer d’autres molécules, et entraîner des réactions qui ne seraient autrement possibles qu’avec des métaux dits de transition, potentiellement plus polluants.

O. : Toutes ces simulations nécessitent une puissance informatique conséquente. Comment procédez-vous ?

B.C. : Toutes nos simulations sont effectuées grâce à des supercalculateurs. Nous faisons partie du Consortium des Équipements de Calcul Intensif (CECI), un consortium interuniversitaire soutenu par le FNRS et la Région wallonne. En fonction de nos besoins, nous pouvons utiliser les supercalculateurs de l’UNamur, ou des autres universités en Fédération Wallonie Bruxelles, qui ont chacun des spécificités propres. Ensuite, si nous avons besoin de plus de ressources, nous pouvons faire appel à Lucia, le supercalculateur wallon. Enfin, il peut arriver que nous ayons encore besoin de puissance supplémentaire, comme lors d’un projet qui modélisait près de 3 millions d’atomes. Dans ce cas, nous pouvons utiliser le supercalculateur européen, LUMI, basé en Finlande et qui a été en partie financé par la Belgique et la Région wallonne. Il s’agit d’une machine partagée par 10 pays, une initiative unique en Europe.

Thibault Grandjean

CV EXPRESS

  • 1992 : Docteur en Sciences (UNamur)
  • 1994 : Prix IBM Belgium
  • 2001 : Agrégé de l'Enseignement Supérieur (UNamur)
  • 2012-2015 : Professeur de recherche Francqui
  • 2010-2016 : Président du Consortium des Équipements de Calcul Intensif (CÉCI)
  • 2020 : Chemistry Europe Fellow
  • Directeur de la revue Chimie Nouvelle
  • Membre du Pôle High Performance Computing (HPC) Multiscale Modelling du Namur Institute of Structured Matter (NISM)

Cet article est tiré de la rubrique "Far away" du magazine Omalius#31 (Décembre 2023).

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Événements

  • 02
  • 06

La physicochimie du parchemin et des encres - approches expérimentales et historiques.

Congrès / Colloque / Conférence

La physicochimie du parchemin et des encres - approches expérimentales et historiques.

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08:00 - 6
16:00
Gîte du domaine d'Haugimont - 73, route d'Andenne - 5340 Faulx-Les Tombes
Personne de contact :  Deparis Olivier

Colloque-atelier résidentiel au domaine d'Haugimont sur le thème de la physicochimie du parchemin et des encres selon des approches expérimentales et historiques.

se déroulera du 2 au 6 septembre 2024 au Gîte du domaine d'Haugimont (propriété de l’Université de Namur) et traitera des manuscrits médiévaux dans leurs aspects matériels et historiques (fabrication du parchemin et des encres). Cet évènement s’adresse à des historiens, des archéologues, et des chercheurs en sciences physiques et chimiques. La participation est gratuite pour les doctorants attachés aux écoles doctorales du FNRS dans les disciplines concernées. 

À la croisée de l’archéologie, de l’histoire et des sciences exactes, ce colloque-atelier donnera la parole à trois orateurs (un physicien, un chimiste et un historien) qui présenteront les recherches interdisciplinaires qu’ils mènent de concert dans ce domaine. Des ateliers de reproduction de parchemin, d’encres, et de matériel d’écriture seront organisés chaque jour.

Plus d'informations sur l'évènement

 

 

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1st symposium on Protein Disorder, Interactions, and Dynamics

Congrès / Colloque / Conférence
Congrès / Colloque / Conférence
-
Faculté des sciences Namur Institute of Structured Matter

1st symposium on Protein Disorder, Interactions, and Dynamics

Docteur Honoris Causa
S'inscrire à l'événement
13
09:00 - 20:00
Université de Namur, Auditoire Pedro Arrupe 02 - rue de Bruxelles, 65-67 (accès via la cour des sciences) - 5000 Namur
Personne de contact :  Michaux Catherine
S'inscrire à l'événement

Organized by the Belgian Biophysical Society and the Physical Chemistry of Biomolecules Laboratory (CPB

Programme

8:50 | Welcome, registration, and poster setup

9:20 | Welcome speech

First morning session 

9:30 | Vladimir N. Uversky - University of South Florida, USA - "Dancing protein clouds: strange biology and chaotic physics of intrinsically disordered proteins" 

10:15 | Marie Skepö - Lunds Universitet, Sweden - "Structural and conformation properties of IDPs: computer simulations in combination with experiments"       

11:00 | Coffee break

Second morning session

11:30 | Peter Tompa - Vrije Universiteit Brussel, Belgium - "Fuzzy interactions of IDPs driving biomolecular condensation"

12:15 | Sonia Longhi - Aix-Marseille Université, France - "Intrinsic disorder, phase transitions, and fibril formation by the Henipavirus V and W proteins"   

13:00 | Lunch and poster session

Afternoon session

14:30 | Sigrid Milles - Leibniz-Forschungsinstitut für Molekulare Pharmakologie, Germany - "Intrinsically disordered proteins in endocytosis: an NMR and single molecule fluorescence perspective"     

15:15 | Jean-François Collet - Université Catholique de Louvain, Belgium - "How disorder controls the transport of lipoproteins in the cell envelope of Gram-negative bacteria"    

16:00 | Closing speech

16:10 | Networking Beer Time at "Le Chapitre"

Venue

University of Namur, auditorium Pedro Arrupe (PA02), rue de Bruxelles, 65-67 - 5000 Namur (#21 on the campus map)

Registration guidelines

Registration fee

  • Students (PhD students included): 25 €
  • Seniors: 40 €

Payment - Bank transfer

Payable before 25 November on the account:

  • Name: Université de Namur – ASBL
  • IBAN: BE10 2500 0740 2704
  • BIC: GEBABEBB 

Please mention your name/CPO4136330 /e-mail in the payment communication.

Abstract guidelines

Send us your abstract before 25 November by email: pdid.meeting@unamur.be 

Format: Word document, maximum 1 page A4, Times New Roman

 

All deadlines (registration, payment, abstracts) : 25 November 2024

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