Acquis d'apprentissage

À la fin du cours, l'étudiant sera capable d'effectuer des analyses de séquences de protéines, de prédire la structure des protéines et de comprendre les bases de la reconstruction phylogénétique.
 
L'étudiant sera capable d'effectuer certaines analyses génomiques, comme l'assemblage, la cartographie des génomes de référence, l'appel de variants et les analyses comparatives.

Objectifs

Donner les principes de base des méthodes bioinformatiques pour l'analyse des protéines et des génomes et discuter de la puissance et des limites de la bioinformatique.
 
Appliquer les méthodes bioinformatiques pour identifier les gènes/protéines, prédire leurs fonctions, établir les relations évolutives et prédire la structure des protéines et des complexes protéiques, la génomique comparative et les outils d'intégration de la génomique.

Contenu

Le cours est divisé en modules :
 
1. Analyse des séquences de protéines, phylogénie, prédiction de la structure des protéines, bases de données
 
2. Génomique.

Table des matières

Module de protéines

  • Recherche dans la base de données
  • Alignement de séquences (par paire)
  • Alignement de séquences multiples
  • ontologie des gènes
  • Prédiction de la structure des protéines avec AlphaFold2 et alignement structurel.
  • Phylogénie

Module Genomes Annotation du génome

  • Assemblage / annotation de génomes
  • Génomique comparative
  • Métagénomique

Exercices

Projets basés sur la bioinformatique.

Méthodes d'enseignement

Le cours combinera des conférences, des discussions sur des articles et des sessions pratiques. Les sessions pratiques seront organisées sous forme de projets qui seront discutés lors des évaluations. Les étudiants enverront des rapports partiels après chaque TP.

Méthode d'évaluation

Tout au long du cours, il y aura des exercices/tests qui ne font pas partie de l'évaluation finale, ils sont anonymes et servent à contrôler les connaissances de la classe sur les aspects théoriques nécessaires au cours.
 
L'évaluation consistera en des présentations et des discussions sur les exercices/projets précédemment assignés. La théorie et la pratique seront évaluées dans les présentations et les discussions.

Sources, références et supports éventuels

Matériel sur webcampus.

Langue d'instruction

Anglais