Acquis d'apprentissage

A l’issue de ce cours, l’étudiant doit :

Savoir comment les bactéries/archées/eucaryotes unicellulaires sont structurées

Comprendre comment ces microorganismes génèrent leur énergie

Comprendre comment ces microorganismes peuvent causer des maladies

Comprendre comment on isole et identifie ces microorganismes

Comprendre comment on peut tuer ces microorganismes à l’extérieur et à l’intérieur d’un hôte

Comprendre les mécanismes d’évolution génétique

Comprendre les mécanismes de résistance aux antibiotiques

Comprendre l’intérêt du microbiote dans la bonne santé de l’hôte

Savoir comment les virus sont structurés

Comprendre comment les virus entrent dans la cellule

Comprendre comment les virus se répliquent dans la cellule

Comprendre ce que peut faire la cellule pour limiter la réplication virale

Comprendre comment les virus sortent de la cellule?

Comprendre comment les virus évoluent

Comprendre comment cultiver les virus

Comprendre comment identifie-t-on les individus infectés par un virus

Comprendre comment peut-on empêcher la réplication virale in vivo

 

Objectifs

Ce cours a pour objectif de faire découvrir la vie à l’échelle ‘micro’. Cette découverte se fera en plusieurs étapes.

1. Comprendre les bases de la microbiologie.

Après un bref historique de la microbiologie et de ses découvertes marquantes, nous commencerons par détailler et comparer les structures des bactéries, des archées, des eucaryotes microbiens et des virus.

2. Découvrir la diversité microbienne.

Comprendre la classification des microorganismes et leur taxonomie.

3. Étudier la réplication des microorganismes.

Appréhender les techniques de culture et d’identification en laboratoire.

4. Explorer l'interaction entre microorganismes et hôtes

Comprendre les relations symbiotiques (commensalisme, mutualisme, parasitisme) entre les microorganismes et leurs hôtes.

5. Découvrir les mécanismes de virulence et l’évasion immunitaire.

Étudier les mécanismes de défense des microorganismes. Comprendre les bases de l'immunologie en lien avec les agents microbiens (faire le lien avec les réponses immunitaires innée et adaptative vues dans le cours d’immunologie SVETB306).

6. Prévenir et contrôler les infections.

Étudier les principes de base de la désinfection, stérilisation, des antiseptiques, des antibiotiques et des antiviraux. Comprendre les mécanismes de résistance aux antibiotiques et antiviraux.

 

Contenu

Nous nous intéresserons aux virus, aux bactéries, aux archées et aux eucaryotes microbiens.

La structure des cellules microbiennes sera décrite en distinguant les 3 domaines que sont les archées, les bactéries et les eucaryotes. Le métabolisme microbien sera exposé en partant de principes fondamentaux de physique et de chimie. L’extraordinaire diversité du catabolisme bactérien sera mise en parallèle avec la multitude d’écosystèmes colonisés par les microbes. L’étude de l’anabolisme illustrera l’universalité des voies de biosynthèse des macromolécules. La description de la génétique microbienne et notamment des mécanismes de variations constituera la base moléculaire des phénomènes de résistance aux agents antimicrobiens. Les méthodes de prophylaxies et de chimiothérapie antibiotique seront exposées.

La seconde partie du cours décrira le cycle viral, de l’entrée du virus dans l’organisme hôte à l’infection d’un nouvel individu en passant par le détournement de la machinerie cellulaire et la subversion de la réponse immune. Les différents taxons seront détaillés notamment durant l’exposition des mécanismes de réplication du génome viral. Finalement, différentes stratégies antivirales seront exposées.

 

Table des matières

Les bactéries

Les archées

Les eucaryotes unicellulaires

Le métabolisme microbien

Culture et identification microbienne

Contrôle des microorganismes dans l’environnement

Chimiothérapie antimicrobienne

Génétique bactérienne et résistance aux antibiotiques

Microbiote et facteurs de virulence

Introduction à la virologie

Culture et identification des virus

Génome et génétique virale

Structure de la capside et de l’enveloppe

Attachement et entrée du virus

Synthèse de l’ARN viral à partir d’un modèle ARN

Transcription et maturation de l’ARN viral

Réplication du génome des virus à ADN

Transcriptase inverse et intégrase

Traduction

Assemblage, sortie et maturation du virion

Évolution des virus

Antiviraux

 

Méthodes d'enseignement

Cours ex cathedra avec projections de powerpoints.

Capsules vidéo reprenant certaines notions clés.

Travaux pratiques obligatoires.

 

Méthode d'évaluation

Examen écrit portant sur la matière vue aux cours théoriques et dispensée pendant les travaux pratiques.

 

 

Sources, références et supports éventuels

Principles of Virology, 4th edition, Flint, Racaniello, Rall and Skalka, ASM press, ISBN 978-1-55581-9514

ViralZone, http://viralzone.expasy.org/

Prescott’s microbiology, 10th edition, Willey Sherwood and Woolverton, Mc Graw Hill education, ISBN 978-1-259-28159-4

Veterinary Microbiology and Microbial Disease, 2nd edition, Quinn, Wiley-Blackwell, ISBN-13: 978-1405158237

Langue d'instruction

Formation Programme d’études Bloc Crédits Obligatoire
Bachelier en médecine vétérinaire Standard 0 4
Bachelier en médecine vétérinaire Standard 3 4