Les étudiants découvriront les techniques de microscopie permettant d'aborder des questions clés sur l'homéostasie de la voie de sécrétion en biologie cellulaire. Ils apprendront les éléments clés à prendre en compte lors de la planification et de la réalisation d'expériences, ainsi que la manipulation des données pour la création de figures, l'analyse et la discussion des résultats.
À l'issue du cours, les étudiants :
i) auront une compréhension de base de l'application de différentes techniques de microscopie pour répondre aux questions d'homéostasie et de contrôle qualité dans le trafic de protéines
ii) sauront gérer un jeu de données, depuis les images brutes jusqu'à la création d'une figure de qualité publiable
iii) auront une compréhension de la quantification d'images de base
iv) seront capables d'analyser des données de microscopie et de rédiger une section de résultats
Ce cours porte sur la microscopie appliquée au trafic de protéines et à la biologie cellulaire. Il comprendra :
i) des exemples d'utilisation de différentes techniques de microscopie pour répondre à des questions de pointe en biologie cellulaire, avec notamment des séminaires animés par des intervenants invités, auteurs de publications de renom.
ii) l'utilisation de la microscopie dans la recherche sur le trafic de protéines.
iii) une démonstration en direct d'une technique de trafic courante, RUSH, sur un microscope à disque rotatif.
iv) la quantification d'images, la création de figures et la discussion des résultats, avec notamment une conférence d'un expert en imagerie de l'Institut Curie à Paris.
Accès à un ordinateur portable avec le logiciel gratuit FIJI/ImageJ (https://imagej.net/software/fiji/) et à un éditeur de graphiques matriciels, nécessaire pour la seconde partie du cours (option : essai gratuit de 30 jours). Je recommande le logiciel Affinity (photo et design) (https://affinity.serif.com/en-gb/photo/?srsltid=AfmBOoplc6qGkxgsYeke-jN…) ou Adobe Photoshop/Illustrator. Les versions gratuites peuvent présenter des difficultés de compatibilité entre les logiciels, mais elles sera suffisant pour ce cours. En dernier recours, PowerPoint est une option.
Le module comprendra trois approches pédagogiques différentes :
i) Des conférences présentant des recherches de pointe sur l'homéostasie, le contrôle qualité et la voie de sécrétion, ainsi que l'intégration de la microscopie par les auteurs.
ii) Une démonstration en direct d'un test de trafic courant, RUSH, par microscopie à disque rotatif.
iii) Des explications et des ateliers sur la quantification des images microscopiques, la réalisation de figures et la discussion des résultats.
Durant le cours, les étudiants seront notés sur leur engagement, par exemple leurs questions aux enseignants, leur implication lors des cours, etc. À la fin du cours, ils remettront un court rapport écrit reprenant les techniques étudiées pendant le module. Basé sur l'expérience RUSH observée lors d'une séance, ce rapport comprendra:
• Objectifs
• Figure
• Quantification d'images
• Résultats
La pondération des notes sera de 25:75 (engagement:rapport).
| Formation | Programme d’études | Bloc | Crédits | Obligatoire |
|---|---|---|---|---|
| Master 120 en biochimie et biologie moléculaire et cellulaire, à finalité didactique | Standard | 0 | 3 | |
| Master 120 en biochimie et biologie moléculaire et cellulaire, à finalité spécialisée | Standard | 0 | 3 | |
| Master 60 en sciences biologiques | Standard | 0 | 3 | |
| Master 120 en biochimie et biologie moléculaire et cellulaire, à finalité approfondie | Standard | 0 | 3 | |
| Master 120 en biochimie et biologie moléculaire et cellulaire, à finalité spécialisée | Standard | 1 | 3 | |
| Master 60 en sciences biologiques | Standard | 1 | 3 | |
| Master 120 en biochimie et biologie moléculaire et cellulaire, à finalité approfondie | Standard | 1 | 3 | |
| Master 120 en biochimie et biologie moléculaire et cellulaire, à finalité didactique | Standard | 1 | 3 |