Cours
2023-2024
Scientific Programming for Chemists
- Code de l'UE SCHIM109
-
Horaire
12Quadri 2
- Crédits ECTS 4
- Langue
- Professeur Liégeois Vincent
Acquis d'apprentissage
Les étudiants seront inités à la programmation. Le langage de programmation choisi et le Python. Ils pouront comprendre et créer eux-même un programme Python pour lire différentes données provenant d'une mesure expérimentale (IR, cyclovoltamétrie, RMN, ...) ou d'un calcul de chimie quantique / mécanique moléculaire, de traiter si nécessaire ces données et de les resortir sous une nouvelle forme (tableau, graphique, ...).
Objectifs
Etre capable d'écrire un petit script Python afin de lire les données d'un fichier, les traiter et les resortir sous forme d'un tableau, d'un graphe, ...
Contenu
Les différents concepts lié à la programmation et plus particulièrement ceux lié au langage Python seront explicités dans ce cours:
1 Introduction
2 Introduction to Python language
2.1 Python interpreter
2.2 Python from a script
3 Numerical types and operators in Python
3.1 Numbers
3.2 Boolean
3.3 Comparison
4 Variables in Python
4.1 Define a variable
5 Reading and writing Data in Python
5.1 Reading data and conversion
5.2 Print out data
6 Strings in Python
6.1 String formatting
6.2 Operations on string
6.3 Comparison
6.4 Indexing and slicing string
7 Conditional Branching in Python
8 Loops in Python
9 Lists in Python
9.1 Operations on list
9.2 Comparison
9.3 Indexing and slicing list
10 Tuples in Python
10.1 Operations on tuple
10.2 Comparison
10.3 Indexing and slicing tuple
11 Function and methods with iterable
12 Lists are mutable
13 Dictionary in Python
13.1 Comparison
13.2 Dictionary indexing
13.3 Dictionary methods
14 Summary of Data Containers in Python
15 More on loops in Python
16 Read from and write to files in Python
16.1 Info on the files
16.2 Opening and closing files
16.3 Parsing files
17 Defining functions in Python
17.1 General aspects
17.2 Default argument values and keywords arguments
17.3 Copy of data when passing arguments
17.4 Lambda function
18 Modules in Python
19 Errors and Exceptions in Python
20 Module NumPy
20.1 Creation of array class
20.2 Attributes of an array
20.3 Indexing and slicing
20.4 Copy and Views
20.5 Arithmetic operations
20.6 Universal functions
20.7 Methods and functions
21 Module Scipy
22 Module Re for regular expressions
23 Defining a class in Python
23.1 General aspects
24 Other interesting modules
25 Miscellaneous
Table des matières
1 Introduction
2 Introduction to Python language
3 Numerical types and operators in Python
4 Variables in Python
5 Reading and writing Data in Python
6 Strings in Python
7 Conditional Branching in Python
8 Loops in Python
9 Lists in Python
10 Tuples in Python
11 Function and methods with iterable
12 Lists are mutable
13 Dictionary in Python
14 Summary of Data Containers in Python
15 More on loops in Python
16 Read from and write to files in Python
17 Defining functions in Python
18 Modules in Python
19 Errors and Exceptions in Python
20 Module NumPy
21 Module Scipy
22 Module Re for regular expressions
23 Defining a class in Python
24 Other interesting modules
25 Miscellaneous
Exercices
Une liste d'exercices sera dévoilée au fur et à mesure de l'avancement du cours afin de consolider les différentes notions vues. Leurs solutions seront aussi fournies.
Méthodes d'enseignement
Les concepts du langage Python sont présentés et mis en application directement.
Les étudiants sont invités à prendre leur ordinateur au cours afin de mettre en application directement sur leur ordinateur les différentes notions.
Méthode d'évaluation
Le mode d'évaluation consiste en un travail: écrire un programme Python en lien avec sa recherche durant le mémoire.
Ce programme aura pour but de lire différentes données, de les traiter et de les resortir sous forme d'un tableau, d'un graphique ou autre.
Les différents aspects recherchés dans ce programme seront explicités à la fin du cours.
Sources, références et supports éventuels
Le cours fera régulièrement référence à la documentation officielle de Python: