Présidé par le Doyen, le conseil de faculté est composé de membres de droit (tous les professeurs inscrits au cadre de la faculté, tous les scientifiques définitifs - y compris FNRS - et tout autre professeur assurant un minimum de 60h de cours) et de membres élus (académiques assurant moins de 60h de cours, délégués du personnel scientifique temporaire, ATO). Une représentation étudiante est également prévue. Le conseil de faculté est l'organe souverain de la faculté. Toute décision prise ailleurs peut toujours être cassée par le conseil. Le conseil de faculté se réunit au moins 3 fois par an et fixe les grandes orientations de la gestion et de la politique de recherche et d'enseignement de la faculté.