Familiarisation avec le vocabulaire et les approches expérimentales des analyses à haut débit.
Perception de leurs puissance et limitations.
Acquisition d'une méthodologie permettant d'exploiter et d'interpréter un data set protéomique.
Ce cours vise à familiariser l'étudiant avec les techniques d'analyses à haut débit, telles que la métabolomique, la lipidomique, la protéomique et les applications du séquençage d'ADN à haut débit. Les principes, les atouts et les limitations de ces différentes approches seront présentés et illustrés par des exemples/applications.
Pour la partie Arnould :
Intervenants extérieurs visant à développer
1) la métabolomique reposant différents aspects de spectrométrie de masse
2) utilisation de la métabolomique dans le cadre du cancer
3) la lipidomique
Pour la partie De Bolle :
Applications découlant de la possibilité de réaliser du séquençage à haut débit (Tn-seq, ChIP-seq, RNA-seq, Hi-C, Ribo-seq, CLIP-seq, FAIRE-seq, ATAC-seq)
Pour la partie Renard :
1) Introduction à la protéomique
2) Spectrométrie de masse pour l'analyse des protéines
3) Identification des protéines : du spectre à la banque de données
4) Stratégies et exemples d'analyses quantitatives
1) Introduction et objectifs
2) Lipidomique et métabolomique
3) Protéomique
4) Génomique
Un data set protéomique est présenté et confié aux étudiants. Les stratégies d'analyse leur sont expliquées.
En binôme, les étudiants doivent analyser le data set et en extraire des informations biologiques pertinentes. L'évaluation repose sur la présentation de leur résultat.
Méthode d'enseignement : cours théorique ex-cathédra.
Partie pratique : mise à disposition d'un data set, explications des stratégies d'analyses en pool informatique.
Partie théorique :
Examen oral chez chaque titulaire.
Une note d'échec sévère dans une des partie (< ou égale à 7/20) entraine un échec global à l'UE.
L'étudiant repasse uniquement la ou les parties en échec.
Partie pratique :
Les binômes d'étudiants présentent le fruit de leur analyse biologique du data set protéomique qui leur a été confié.