Ce cours a pour objectif de faire découvrir la vie à l’échelle ‘micro’.
Nous nous intéresserons aux virus, aux bactéries, aux archées et aux eucaryotes microbiens.
La structure des cellules microbiennes sera décrite en distinguant les 3 domaines que sont les archées, les bactéries et les eucaryotes. Le métabolisme microbien sera exposé en partant de principes fondamentaux de physique et de chimie. L’extraordinaire diversité du catabolisme bactérien sera mise en parallèle avec la multitude d’écosystèmes colonisés par les microbes. L’étude de l’anabolisme illustrera l’universalité des voies de biosynthèse des macromolécules. La description de la génétique microbienne et notamment des mécanismes de variations constituera la base moléculaire des phénomènes de résistance aux agents antimicrobiens. Les méthodes de prophylaxies et de chimiothérapie antibiotique seront exposées.
La seconde partie du cours décrira le cycle viral, de l’entrée du virus dans l’organisme hôte à l’infection d’un nouvel individu en passant par le détournement de la machinerie cellulaire et la subversion de la réponse immune. Les différents taxons seront détaillés notamment durant l’exposition des mécanismes de réplication du génome viral. Finalement, différentes stratégies antivirales seront exposées.
Les bactéries
Les archées
Les eucaryotes unicellulaires
Introduction au métabolisme microbien
Réaction d’approvisionnement, le catabolisme
Utilisation de l’énergie pour la biosynthèse, l’anabolisme
Culture et identification microbienne
Contrôle des microorganismes dans l’environnement
Chimiothérapie antimicrobienne
Génétique bactérienne et résistance aux antibiotiques
Infection et pathogénicité bactérienne
Introduction à la virologie
Culture et identification des virus
Génome et génétique virale
Structure de la capside et de l’enveloppe
Attachement et entrée du virus
Synthèse de l’ARN viral à partir d’un modèle ARN
Transcription et maturation de l’ARN viral
Réplication du génome des virus à ADN
Transcriptase inverse et intégrase
Traduction
Assemblage, sortie et maturation du virion
Evolution des virus
Antiviraux
Cours ex cathedra avec projections de powerpoints.
Capsules vidéo reprenant certaines notions clés.
Travaux pratiques obligatoires.
Examen écrit portant sur la matière vue aux cours théoriques et dispensée pendant les travaux pratiques.
Principles of Virology, 4th edition, Flint, Racaniello, Rall and Skalka, ASM press, ISBN 978-1-55581-9514
ViralZone, http://viralzone.expasy.org/
Prescott’s microbiology, 10th edition, Willey Sherwood and Woolverton, Mc Graw Hill education, ISBN 978-1-259-28159-4
Veterinary Microbiology and Microbial Disease, 2nd edition, Quinn, Wiley-Blackwell, ISBN-13: 978-1405158237