Ce cours vise à familiariser l'étudiant avec l'utilisation de bases de données à haut débit permettant de contextualiser le rôle ou l'expression de certains acteurs de processus cellulaires, principalement des acteurs de la transduction du signal. Par exemple, un éclairage "pathologique" pourra être donné à certains gènes en exploitant des bases de données génomiques et transcriptomiques telles que TGCA permettant d'analyser l'occurence de mutations ou de misexpression de gènes sélectionnés dans certains cancers. L'utilisation de bases de données cumulatives, telles que UCSD genome browser, permettra d'analyser la structure génique et les régulations exercées sur les promoteurs grâce à des données épigénétiques et de ChIP. Les approches visant le "single cell analysis" pourraient également faire partie du contenu de ce cours.
Pour la partie Arnould :
Intervenants extérieurs visant à développer
1) la métabolomique
2) différents aspects de spectrométrie de masse
3) la lipidomique
Pour la partie De Bolle : applications découlant de la possibilité de réaliser du séquençage à haut débit (Tn-seq, ChIP-seq, RNA-seq, Hi-C, Ribo-seq, CLIP-seq, FAIRE-seq, ATAC-seq)
Méthode d'enseignement : cours ex-cathédra visant à définir et baliser les approches et exercices en pool informatique.
Examen oral chez chaque titulaire.
Une note d'échec sévère dans une des partie (< ou égale à 7/20) entraine un échec global à l'UE.
L'étudiant repasse uniquement la ou les parties en échec.